Mens lederne af de fem stærkeste byer i ninjaverden mødes for at diskutere fremtiden, lægger den skrupelløse organisation Akatsuki nye planer, som får enorm indflydelse på Naruto. Den nye hokage, der er leder af Narutos by, er ikke bange for at foretage det sidste træk mod Sasukes gamle ven Sasuke